由于紧急避孕药的药物作用，可产生恶心、呕吐、不规则子宫出血、月经改变等副作用，在服药一段时间后可缓解，如果不是症状长期存在，就要停止服药及就医。
一、恶心
恶心的最常见的副作用，约为50%；左炔诺孕酮次之，约为20%；米非司酮最低，约6%—7%。恶心一般持续不超过24小时。
二、呕吐
用Yuzpe法进行紧急避孕的女性约有20%发生呕吐;左炔诺孕酮约5%；米非司酮约1%。如果在口服紧急避孕药后1小时内呕吐，应该尽快补服1次。
三、不规则子宫出血
有些女性用药后会有些X点滴出血，一般无须处理，用药前要做好咨询。
四、排卵期改变
服用紧急避孕药，会影响月经周期，因而在随后的几个月中计算安全期会有所障碍。
五、月经改变
如果月经延迟一周，应该做尿妊娠试验，以明确是否是紧急避孕失败。
六、其他
乳房胀痛、头痛、头晕、乏力等，这些症状一般较轻微，持续时间不超过24小时。乳房胀痛、头痛严重者可用阿斯匹林或其他止痛药对症处理。
此外，有的时候，还会出现乳房胀痛、头痛、头晕、乏力等症状，这些症状一般比较轻微，出现的时间不超过24小时。如果是有乳房胀痛、头痛严重者可用阿斯匹林或其他止痛药对症处理。还会出现肠胃不适、体重微增、神经紧张、情绪低潮、皮肤易有褐斑和粉刺等。避孕药还可能引发乳癌、子宫颈癌、肝脏腺瘤等，所以服用紧急避孕药危害是很大的，女性应该要减少使用紧急避孕药。
